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”よく分かる次世代シークエンサー解析”を開催します。3月17日~3月19日

ワークショップ開催のご案内です。

よく分かる次世代シークエンサー解析
~最先端トランスクリプトーム解析~

既に次世代シークエンサー(NGS)解析は、様々な研究者が取り入れています。NGS解析にはWetと呼ばれる分子生物学的手法と、dryと呼ばれる計算科学の手法の両方が必要です。この両者の連携が解析の成功のカギを握っています。そこで、WetからDryまでの最先端の研究者を招いて、特にトランスクリプトーム解析手法についてのセミナー(1時間)と人数を限定したトレーニング(1.5-2時間程度)を開催します。
特に、トランスクリプトーム解析において、現在焦点となっている1細胞解析、ゲノム解析、統計解析の観点から先駆的な解析を行っている研究者をお招きし、ご講演いただきます。トップレベルの解析技術を一度に網羅できるまたとない機会です。是非ご参加ください。尚、参加無料ですが、事前登録をお願いします。トレーニングはスペースの都合上、先着順とさせていただきます(同一研究室からのお申し込みは調整させていただくことがございます)。

【場所】
九州大学馬出キャンパス
・コラボステーションⅠ 共同セミナー室A・B
・総合研究棟 ITルーム

【日程】
2014年3月17日(月)~ 3月19日(水)
※開催時間 13:00~16:30

【対象者】
 NGS解析を始めようとする初心者やウェットをメインとする実験系研究者。
 トレーニングについては都合上、20人を上限とさせて頂きます。(セミナーの人数制限はなし)
 但し、同一の研究室からのお申し込みが多数あった場合は、調整させて頂きます。
※3日間のセミナー全てに参加されなくても結構です。
 また、セミナーのみの受講の場合、申込の必要はございません。

【プログラム案】(後に変更する可能性があります)
〔1日目〕 3月17日(月)
講師:二階堂 愛先生、笹川 洋平先生
独立行政法人理化学研究所 情報基盤センター
            バイオインフォマティクス研究開発ユニット 

12:30~ 受付開始
13:00~14:00 セミナー 「1細胞の遺伝子発現ゆらぎはどこからくるのか?」
場所:コラボステーションⅠ 共同セミナー室A・B
                                講師:二階堂 愛先生
 細胞集団のなかには、細胞によってmRNAやタンパク質量が不均質になる現象が知られている。このような細胞状態の不均質性(ゆらぎ)は、発生や細胞分化、リプログラミング、薬剤応答性など様々な現象との関連が示されつつある。細胞状態の不均質性がどこから生じるのか、また、様々な生命現象とどのように関わっているのか、を理解することで、生命らしい柔軟な細胞機能の理解に繋がるであろう。
しかしながら、細胞集団のなかに、どのような細胞状態がどの程度存在するかを、正確に、網羅的に知ることは困難である。そこで、我々は、高い再現性と精度を誇る1細胞RNA-Seq法 Quartz-Seq を開発した。この方法は、既存の1細胞遺伝子発現測定法と比較し、2.7倍以上の遺伝子を検出し、実験の再現性を示す指標である相関係数は 0.93 を越える。さらに細胞の分化状態だけでなく、細胞周期のような小さな細胞状態の差をも検出できることを示した。本講演では、マウスES細胞を利用し、Quartz-Seqの性能を示し、細胞の不均質性がどこからやってくるのかを議論したい。

14:00~14:30 休憩
14:30~16:30 トレーニング
(14:30~15:30)レクチャー1「1細胞RNA-Seqのデータ解析の実際」
場所:コラボステーションⅠ 共同セミナー室A・B
                                講師:二階堂 愛先生
1細胞RNA-Seqは、通常のRNA-Seq以上に、プロトコールを理解して、データ解析を行う必要がある。またRNAの増幅方法によって、データの癖が違うため、方法ごとに、適切な念入りなデータのクオリティチェックが必要となる。本レクチャーでは、FASTQやマッピング、FPKMの計算など、通常のRNA-Seqのデータ解析から始めて、1細胞RNA-Seqならではのデータ解析について述べる。さらに1細胞RNA-Seqのデータ解析について発展的なトピックスについても一部紹介を行う。

(15:30~16:30)レクチャー2「1細胞RNA-Seq実験をはじめるにあたって」
場所:コラボステーションⅠ 共同セミナー室A・B
                                講師:笹川 洋平先生

〔2日目〕 3月18日(火)
講師:長﨑 正朗先生、成相 直樹先生
東北メディカル・メガバンク機構

12:30~ 受付開始
13:00~13:30 セミナー「日本人1000人の全ゲノムの解析の現状と課題」
場所:コラボステーションⅠ 共同セミナー室A・B
講師:長﨑 正朗先生
東北大学東北メディカル・メガバンク機構では2013年11月29日に1000人ゲノムのシークエンスが完了した。本セミナーではヒトの全ゲノム解析の現状と見えてきている課題、現在得られている変異コールの精度,データの公開などを含め時間の取れる範囲で話を行う。

13:30~14:00 セミナー「RNA-Seq データからの網羅的な遺伝子発現レベル解析手法」
場所:コラボステーションⅠ 共同セミナー室A・B
講師:成相 直樹先生
 近年、次世代シークエンサによるRNA-Seq 技術により、サンプルの遺伝子発現を網羅的かつ一塩基レベルの高解像度で解析することが可能となった。
本発表の前半部分では、これまでに提案されてきたRNA-Seqデータ解析手法である TopHat/Cufflinks、RSEM等を紹介し、それらの有効性及び問題点を指摘する。本発表の後半部分では、より高精度な遺伝子発現レベル推定を実現するため、モデルの複雑さ(転写産物の候補の数)、隠れ変数(マッピングの曖昧さ)、パラメータ(転写量)を、変分ベイズ推定により同時に最適化する統計的手法 TIGAR を紹介する。

14:00~14:30 休憩
14:30~16:30 トレーニング「TIGARによるRNA-Seqデータからの網羅的な遺伝子発現レベル解析実践」
場所:総合研究棟 ITルーム
 次世代シークエンサから得られたRNA-Seqデータから、サンプルの遺伝子発現レベルを網羅的かつ高精度に解析するためのソフトウェアである TIGAR を利用する方法について解説する。リファレンス配列やアノテーション情報などソフトウェア実行のために必要なファイルの準備から、ソフトウェアの実行、解析結果の解釈、及び発現差解析などの下流解析まで実践する。

〔3日目〕 3月19日(水)
講師:門田 幸二先生
東京大学大学院農学生命科学研究科
 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット

12:30~ 受付開始
13:00~14:00 セミナー 「比較トランスクリプトーム解析とその周辺:モデル、正規化、発現変動検出など」
場所:コラボステーションⅠ 共同セミナー室A・B
 次世代シーケンサー(next-generation sequencer; NGS)の本格的な普及に伴い、細胞中で発現しているRNAの解析は、「マイクロアレイによる遺伝子発現解析」から「RNA-seqによる全転写物(トランスクリプトーム)の網羅的解析」へと着実にシフトしている。しかし、RNA-seqデータは「取扱い注意」である。本講演では、初学者をメインターゲットとして、RNA-seqに関する以下のトピックについて紹介する予定である:
・実験デザインの重要性(technical replicatesではなくbiological replicatesです)。
・長所と短所は紙一重(ダイナミックレンジの広さ→データ正規化の難しさ)
・実験原理的に長い転写物ほど沢山のリードが得られる傾向にあるが、計算原理的にサンプル間比較の場合には気にする必要はない(サンプル内比較の場合には考慮が必要)。
・発現変動検出はTbT法(Kadota et al., 2012)ではなくTCC(Sun et al., 2013)というRパッケージ中の解析パイプラインを使いましょう。

14:00~14:30 休憩・移動
14:30~16:30 トレーニング
場所:総合研究棟 ITルーム

【費用】 
参加費無料。
但し、宿泊および交通の手配は自己手配にてお願い致します。

【トレーニングの参加申込方法】
参加をご希望の方は、以下の参加申込書に情報をご記入の上、2月21日(金)までに以下のメールアドレスにお送り下さい。
※トレーニングの際にご準備いただくものは、追ってお知ら致します。

申し込み、お問い合わせ先:seminarseries0317@gmail.com

——————————————参加申込票————————————————
氏  名 :
所  属 :
職位/学年:
住  所 :
電話番号 :
E-mail :

世話人
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大川 恭行(医学研究院 先端医療医学部門)
須山 幹太(生体防御医学研究所 附属生体多階層システム研究センター)
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主催:九州大学P&P教育研究プログラム・研究拠点形成プロジェクト「ゲノム・エピゲノム解析拠点」
共催:新学術領域研究「動的クロマチン構造と機能」
後援:新学術領域研究「性差構築の分子基盤」
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